Фамилия Караганчу — редкая и, скорее всего, тюркская по происхождению. Её основа — «караган» — восходит к тюркскому слову «караган» (карагана), так называют кустарник из семейства бобовых, известный в народе как жёлтая акация или чилига. Вторая часть фамилии — «чу» — представляет собой характерный тюркский аффикс, который часто указывает на обладание признаком или профессию. Таким образом, Караганчу можно перевести как «тот, кто связан с караганом» или «живущий у караганов».

Словообразовательная модель здесь необычна для русской традиции. В отличие от типичных русских фамилий на -ов или -ин, Караганчу сохранила тюркский суффикс без русификации. Это говорит о том, что фамилия могла сложиться в среде, где русская модель фамилеобразования не была доминирующей, либо носители долго сохраняли исходную форму. Похожие примеры встречаются у народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии, где фамилии на -чу указывают на занятие: например, «чабанчу» (пастух) или «балыкчу» (рыбак).

Вероятно, предок носителя фамилии жил в местности, где караганник был обычным растением, — в степях или предгорьях. Карагану использовали для укрепления песков, на корм скоту и как топливо, так что прозвище могло относиться и к пастуху, и к человеку, жившему в зарослях этого кустарника. Вторая версия, менее правдоподобная, связывает основу с тюркским именем Караган (от «кара» — чёрный, и «ган» — кровь), но в таком случае фамилия скорее приняла бы форму Караганов или Караганлы.

Фамилия Караганчу не фиксируется в классических словарях русских фамилий (Унбегаун, Никонов), что подтверждает её локальный характер. Встречается она преимущественно в южных регионах бывшего СССР, в частности среди карачаевцев, балкарцев или ногайцев, где сохранились подобные модели. Поиск по современным базам данных показывает единичные случаи, в основном в Ставропольском крае и Казахстане.