Фамилия Карагойшин — одна из тех, что сразу обращают на себя внимание необычным звучанием. Её основа явно тюркская, что неудивительно для фамилий, распространённых среди народов Поволжья, Урала и Казахстана. Разберём её по составу: корень «кара» — «чёрный», «тёмный», «гойш» (или «койш») — искажённое или диалектное «куш», «кош», что значит «птица» или «сокол», а суффикс «-ин» указывает на принадлежность («чей?»). Получается «сын (или потомок) чёрной птицы» или «принадлежащий чёрному соколу».

Однако у этой фамилии есть и вторая, более правдоподобная версия происхождения. В тюркских языках «кара» — не только цвет, но и усилительная приставка, означающая «большой», «главный», «сильный». А «гойшин» может восходить к слову «койшы» — «пастух», «овцевод» (от «кой» — овца). Тогда Карагойшин — «главный пастух», «старший овцевод». Такое прозвище могли дать человеку, который отвечал за большое стадо или был уважаемым скотоводом. Учитывая, что скотоводство было основой хозяйства у многих тюркских народов, эта версия выглядит весомее, чем первая.

Фамилия Карагойшин — относительно редкая. Скорее всего, её носители — потомки башкир, татар или казахов. Суффикс «-ин» здесь не русский по происхождению, а усвоенный в процессе русификации фамилий. В оригинале фамилия могла звучать как Карагойшин-улы (сын Карагойша) или просто Карагойш, а окончание «-ин» добавилось при записи в российских документах. Это типичная модель: тюркское имя или прозвище + русский патронимический суффикс.

Встречается фамилия и с другим ударением — Карагойшин, на второй слог, что характерно для некоторых говоров. В письменных источниках XVIII–XIX веков её могли записывать как Карагайшин, Карагошин — путаница из-за нечёткого произношения гласных. Но корень остаётся тем же.

Таким образом, Карагойшин — фамилия-прозвище, указывающая на род занятий предка (скотовод) или, реже, на тотемную птицу. Она хранит память о быте кочевых народов и о том, как при переходе в оседлую жизнь и принятии православия у людей появлялись фамилии по их главному делу или отличительной черте.