Фамилия Караго — одна из тех русских фамилий, которые ведут начало от тюркского прозвища. По той же модели образованы многие знаменитые родовые имена: Тургенев — от прозвища Турген («быстрый, скорый»), Аксаков — от Аксак («хромой»), Булгаков — от Булгак («беспокойный»). Караго стоит в этом же ряду.

Основа фамилии восходит к тюркскому слову «кара» — «чёрный». Вторая часть, «го», может быть искажением тюркского «гёз» (глаз) или «гюль» (цветок, роза). Таким образом, исходное прозвище Караго могло означать «черноглазый» либо «чёрный цветок». В тюркской антропонимии такие сложные имена с компонентом «кара» были распространены: Карагёз (чёрный глаз), Карагюль (чёрная роза).

Фамилия не получила широкого распространения и встречается редко, что указывает на её локальный характер. Скорее всего, предок носителя фамилии получил прозвище за тёмный цвет глаз или смуглую внешность — типичный для степных народов признак, который в русской среде могли закрепить как родовое имя.

Суффикса в фамилии нет — она застыла в форме чистого прозвища, без русских патронимических окончаний -ов или -ин. Это говорит о том, что фамилия могла быть записана в документах в первоначальном виде, без адаптации к русской словообразовательной модели. Такое встречается у фамилий, которые фиксировали за служилыми людьми тюркского происхождения или за крещёными татарами.

В отличие от Тургенева или Аксакова, фамилия Караго не породила дворянских ветвей и не попала в родословные книги. Её носители, вероятно, относились к однодворцам или государственным крестьянам южных и поволжских губерний, где тюркское влияние на русскую фамильную систему было особенно сильным.