Фамилия Каракаций — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, не ремесло и не имя, а географическое название, причём не славянское. У неё молдавские или румынские корни. Исходное слово — «Каракач» (Caracaci или Caracacio), от названия села Каракач в Молдове или в румынском регионе Молдова. Село это существует и сегодня, в Теленештском районе. Житель такого села получал прозвище Каракац, а его потомок, переселившийся в русскоязычную среду, стал Каракацием. Суффикс «-ий» здесь — не окончание, а часть фамилии, адаптированная к русскому склонению (Каракаций, Каракация, Каракацию). По модели это типичная «географическая» фамилия, каких много у молдаван и румын, переехавших в Российскую империю в XIX веке, особенно в Бессарабию и на юг Украины.

Само название села Каракач, скорее всего, восходит к тюркскому «кара кач» — «чёрный беглец» или «чёрный спасающийся». В тюркских языках это могло быть прозвищем человека, избежавшего какой-то опасности, или метафорой. Но для самой фамилии это уже несущественно: её носители — потомки выходцев из конкретного места, а не обладатели тёмного прозвища. Встречается Каракаций редко, в основном у потомков молдавских дворян и мещан, переселившихся в центральные губернии России после присоединения Бессарабии.

В написании фамилии есть нюанс: в документах XIX века её могли записывать и как «Каракацый», и как «Каракачий». Форма на «-ий» закрепилась, вероятно, под влиянием русских фамилий на «-ий» (типа «Благой», «Толстой»), хотя по происхождению она совсем другая. Если сравнивать с однокоренными, то в Молдове встречается фамилия Каракач, а в Румынии — Каракачиу. Русский вариант Каракаций — это уже местная адаптация, которая звучит как прилагательное, но по сути является застывшим обозначением «из Каракача».