Фамилию Каракишиев стоит разбирать не с корня, а с суффикса — это ключ к её географии и происхождению. Формант -ев (а не -ов) указывает на тюркскую основу, где конечный звук основы мягкий или шипящий. В русской ономастике фамилии на -ев характерны для регионов Поволжья, Северного Кавказа и Закавказья, где столетиями шёл активный контакт славянского и тюркского населения.

Основа фамилии — Каракиши — составное тюркское имя или прозвище. Первая часть «кара» в большинстве тюркских языков означает «чёрный», но в именах часто приобретает переносное значение: «сильный», «могучий», «простой» (как в слове «кара-халк» — простой народ). Вторая часть «киши» переводится как «человек», «мужчина». Таким образом, Каракиши — это «чёрный человек» в значении «смуглый», «темноволосый» или, что вероятнее, «простолюдин», «человек из народа». Встречается и вариант толкования «смелый, как чёрный народ» — устойчивый эпитет для воина или батыра в фольклоре.

Самый вероятный путь возникновения фамилии — от личного имени Каракиши, которое давали ребёнку как оберег (чтобы злые духи не позарились на «чёрного», то есть невзрачного, человека) или как характеристику внешности. Носитель этого имени, скорее всего, был тюркоязычным мусульманином — кумыком, ногайцем, азербайджанцем или представителем одного из народов Дагестана. Фамилия Каракишиев почти не встречается в центральной России; её ареал — Дагестан, Чечня, Ставрополье и Астраханская область, что подтверждает её региональную привязку.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий на -ев, которые образовывались от отчества (чей сын? — Каракишиев), здесь фамилия могла закрепиться и как родовое прозвище целой семьи, минуя стадию официального отчества. В метрических книгах XIX века представителей этой фамилии могли записывать и как Каракишевы — с «съезжанием» гласной, что типично для устной тюркской речи. По сословной принадлежности предки Каракишиевых, скорее всего, были государственными крестьянами или казаками — вольными поселенцами южных окраин империи.