Фамилия Каракишиева — редкий случай, когда географический и этнический след просматривается почти безошибочно. Её основа, имя Каракиши, указывает на тюркское происхождение, а суффикс -ев (женский вариант -ева) — на то, что фамилия оформлялась по русской модели, скорее всего, уже в XIX–XX веках, когда народы Кавказа и Средней Азии получали документы на русском языке.

Имя Каракиши составное. Первая часть, «кара», в тюркских языках означает «чёрный» или «тёмный», но в именах часто передаёт не цвет, а значение «сильный», «могучий» или «простой, народный» (как в слове «кара-халк» — простой народ). Вторая часть, «киши» (или «киши»), переводится как «человек». Таким образом, Каракиши могло означать «чёрный человек» (в смысле тёмноволосый или смуглый), «крепкий человек» или даже «человек из народа» — прозвище, данное по внешности или социальному положению.

Фамилия Каракишиева почти наверняка происходит из ареала распространения тюркских языков: это мог быть Азербайджан, Дагестан (особенно кумыкские или ногайские сёла), Туркменистан или казахские степи. В русских документах фамилия закрепилась как Каракишиев/Каракишиева, хотя в оригинале могла писаться иначе (например, Каракишили, Каракиш оглы). Интересно, что суффикс -ев здесь не несёт значения принадлежности (как в русских фамилиях на -ов), а просто русифицирует окончание — исходное имя Каракиши дало форму «чей?» — Каракишиев.

Сословно предки Каракишиевых, скорее всего, были крестьянами или скотоводами, но не исключено, что имя могло принадлежать и воину — в тюркской традиции «кара» иногда входило в воинские прозвища. Однозначно утверждать, что фамилия знатная, нельзя: составные имена с «кара» были распространены у всех слоёв населения. Единственное, что можно сказать с уверенностью: основа фамилии — не географическое название и не ремесло, а личное прозвище, которое дали конкретному человеку, и оно закрепилось за его потомками.