Фамилия Карастоян — одна из тех, что сразу выдают греческое происхождение носителя. Она образована по распространённой в греческой ономастике модели: личное имя или прозвище плюс суффикс принадлежности -ян (-янс), который на русской почве часто переоформлялся в -ян. В основе лежит имя Карастоянис (Καραστογιάννης), которое представляет собой сложение двух частей: «карас» (καράς) — «чёрный» (в переносном смысле «смуглый», «тёмный») и «Яннис» (Γιάννης) — греческая форма имени Иоанн. Таким образом, Карастоян буквально означает «сын чёрного Яниса» или «потомок смуглого Ивана».

Греческая диаспора на юге России и в Причерноморье была многочисленной, и фамилии на -ян, -янц, -янс активно адаптировались к местным условиям. Карастоян — типичный пример такой адаптации, где конечное -с было отброшено, а ударение сместилось на последний слог, как того требует русская фонетика. В самой Греции фамилия чаще звучит как Карастоянис или Карастояну, а форма Карастоян встречается в основном у потомков греков, переселившихся в Российскую империю в XIX — начале XX века, особенно из Понта и Малой Азии.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые указывали на отчество или принадлежность к роду, греческие фамилии на -ян часто сохраняли прозвищный характер. «Чёрный Яннис» мог получить такое прозвище за тёмный цвет волос или кожи, а мог и за мрачный нрав. В любом случае, это не сословная или профессиональная характеристика, а личная, перешедшая в родовое имя.

Интересная деталь: в некоторых записях XIX века встречается вариант Карастоян (без второй «а»), что могло быть следствием упрощения при записи в метрические книги. Такая вариативность характерна для фамилий, которые долго бытовали в устной форме и лишь потом были закреплены документально. Поэтому у двух носителей с разным написанием — один общий корень.

Сейчас фамилия Карастоян довольно редка. Её можно встретить в Краснодарском крае, Ростовской области, Ставрополье — то есть в регионах, где исторически селились греки. Встречается она и в Греции, но там преобладает исходная форма на -ис. Если вы носите эту фамилию, то с большой вероятностью ваши предки — понтийские греки, переселившиеся в Россию в эпоху массовых миграций из Османской империи.