Фамилия Карпуни — редкий для русского уха случай, когда окончание -и не является частью суффикса принадлежности, а сохраняет исходное окончание прозвища или имени. Если подавляющее большинство русских фамилий образуется через -ов/-ев или -ин (Карпов, Карпухин), то форма Карпуни стоит особняком. Она указывает на украинское или белорусское происхождение, где усечённые формы имён на -ий или -и нередко переходили в фамилию без изменений. В основе лежит имя Карп — каноническое христианское имя, восходящее к греческому «карпос» (плод). В народе его связывали с рыбой карп, что придавало имени бытовую и понятную окраску.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: от разговорной или уменьшительной формы имени (Карпун, Карпуня) через добавление конечного -и получилась фамилия, закрепившаяся в форме родительного или множественного числа. В украинской традиции фамилии на -и часто означали «из семьи такого-то» или «принадлежащий к роду». То есть Карпуни — буквально «из рода Карпуна». Суффикс -ун- в основе Карпун типичен для южнорусских и украинских говоров: он придаёт имени оттенок ласкательности или, наоборот, некоторой грубоватости (ср. горбун, болтун).

Географически фамилия тяготеет к западным и юго-западным регионам бывшей Российской империи: современная Украина, Беларусь, юг России. Встречается она нечасто, что объясняется нетипичным для великорусской ономастики окончанием. В польской традиции фамилии на -и (Карпуни) могли писаться через -y (Karpuni) и считаться шляхетскими по звучанию, но документальных подтверждений принадлежности Карпуни к дворянству нет — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, зафиксированная при переписях XIX века.

Спорных версий немного. Иногда Карпуни путают с итальянскими фамилиями (Карпуни как Carponi), но это случайное созвучие: славянская основа и способ образования не оставляют сомнений. Фамилия не получила широкого распространения, поэтому её носители сегодня — чаще всего потомки выходцев из одного компактного региона, где прозвище Карпун было в ходу.