Фамилия Карпунини звучит как типичная итальянская, но её происхождение, скорее всего, совсем другое. Вероятнее всего, это редкий вариант русской фамилии, образованной от имени Карп, но с необычным суффиксом. В русской ономастике модель на -ини не является стандартной: привычные окончания — -ов, -ев или -ин. Однако в некоторых диалектах, особенно на северо-западе и в бывших псковских землях, встречались формы с двойным суффиксом, вроде Карпунин. Если к основе Карпун (уменьшительное от Карп) добавить суффикс -ин, получится «чей?» — Карпунин. Удвоение «н» и окончание -ини могли возникнуть из-за описки, переосмысления или под влиянием польского или украинского языка, где фамилии на -ини встречаются чаще.

Имя Карп — каноническое, от греческого «карпос» (плод), и было популярно в среде крестьян и мещан. В святцах оно есть, поэтому предок Карпуниных мог быть крещёным Карпом, а в быту его звали Карпуня. Тогда фамилия — буквальный ответ на вопрос «чьи вы будете?»: «Карпунины» — то есть потомки Карпуни.

Менее вероятна, но возможна версия, что фамилия действительно итальянского корня. В Италии фамилия Carpunini встречается крайне редко, но если предок был итальянским мастером (например, архитектором или каменщиком), приехавшим в Россию в XVIII–XIX веках, его фамилию могли русифицировать. Однако для такой гипотезы нужны документальные подтверждения, а пока она уступает по правдоподобию версии с русским именем Карп.

Географически фамилия Карпунини — большая редкость. В современных базах данных она почти не встречается, что может говорить о её локальном бытовании или о том, что она была изменена при смене паспортов в советское время. Если вы ищете носителей, стоит проверить варианты: Карпунин, Карпуничев, Карпунов — все они восходят к тому же корню и распространены несравнимо шире.