Фамилия Карпуничкин образована от имени или прозвища Карпуничка. В основе лежит мужское крестильное имя Карп, которое пришло на Русь из греческого языка. Греческое слово «карпос» означает «плод» или «приносить пользу». От полного имени Карп через уменьшительную форму Карпуничка и возникла фамилия: суффикс -ичк- указывает на ласкательное, семейное именование, а -ин — на принадлежность («сын Карпунички»).

Есть и вторая версия, менее вероятная, но вполне объяснимая логикой народных имён. В дохристианской традиции ребёнка могли назвать не по святцам, а по названию рыбы — карпа. Такие «рыбные» имена (Карась, Ёрш, Линь) встречались у славян как обережные: считалось, что, называя младенца в честь животного или рыбы, родители передают ему качества этого существа — в случае с карпом ценятся выносливость, плодовитость и способность выживать в любой воде. Имя Карпуничка в таком случае — не церковное, а охранительное, данное с пожеланием, чтобы природа приняла ребёнка как своего.

Словообразовательная модель фамилии — типичная для русского севера и центральных областей. Суффикс -ин, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на -а (-я): Карпуничка → Карпуничкин. В говорах такая форма могла бытовать и как фамилия без суффикса — Карпуничка, но с течением времени закрепился именно патроним на -ин.

Сравните с однокоренными фамилиями: Карпов (самая распространённая), Карпушкин, Карпухин, Карпенко (украинский вариант). Карпуничкин стоит в этом ряду особняком: редкий уменьшительный суффикс -ичк- встречается в фамилиях нечасто, что делает её более узнаваемой, чем, скажем, стандартные Карпов или Карпухин.

В XIX веке носители фамилии Карпуничкины фиксировались преимущественно в центральных губерниях России — Владимирской, Костромской, Нижегородской. Выходцы из крестьянской или мещанской среды — фамилия не относится к дворянским, не встречается в родословных книгах, но это не умаляет её ценности как свидетельства живой народной традиции имянаречения.