Фамилия Карпуничкина образована от мужского имени Карпуничка — уменьшительной формы канонического имени Карп. Само имя Карп пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка, где karpos означает «плод» или, в переносном значении, «приносить пользу». Именно эта версия — через крестильное имя — считается основной. Менее вероятно, что в основе лежит народное, дохристианское прозвище, данное по названию рыбы карп. Если допустить такую гипотезу, то имя давали с пожеланием, чтобы природа приняла ребёнка как своего и передала ему полезные качества этой рыбы. Однако в ономастике такая мотивация встречается реже, чем связь с церковным календарём: имя Карп было распространено, а его уменьшительные формы (Карпуша, Карпуня, Карпуничка) давали многочисленные фамилии.

Суффикс -ин в фамилии Карпуничкин (женская форма — Карпуничкина) указывает на принадлежность: «чей?» — сын или дочь Карпунички. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а или -я. Интересно, что сама основа — Карпуничка — встречается реже, чем Карпуша или Карпунька, поэтому фамилия Карпуничкина менее распространена, чем, например, Карпушин или Карпунин. Географически такие варианты чаще фиксировались в северных и центральных губерниях России, где сохранялась традиция бытовых уменьшительных имён.

Фамилия не указывает на принадлежность к определённому сословию: её могли получить и крестьяне, и мещане, и духовенство. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Карпу́ничкина, что соответствует ритмике исходного имени.