Основой фамилии Карпуничкина послужило церковное имя Карпуничка. Карпуничка - уменьшительная форма мужского крестильного имени Карп, которое образовано от греческого «karpos», что значит «приносить пользу» или «плод». Менее вероятно, что в основе фамилии лежит не христианское, а языческое, народное имя Карпуничка, данное по названию рыбы «карп». Давая младенцу такое имя, как Карпуничка, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделена эта рыба. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Карпуничка, со временем получил фамилию Карпуничкин.