Фамилия Карпуничкины — редкий пример, где в основе лежит не просто имя, а его двойная уменьшительная форма. Если кратко: ваш предок, скорее всего, был Карпуничкой — то есть внуком или сыном человека по имени Карп, которого в семье ласково звали Карпуня.

Разбираем цепочку. Исходное имя — Карп. Оно пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка, где «карпос» означает «плод» или «польза». В святцах это имя носил апостол от семидесяти, ученик апостола Павла. От полного Карпа в быту образовали уменьшительное Карпуня (по той же модели, что Ваня от Иван, Петя от Пётр). А от Карпуни сделали ещё один, более ласковый шаг — Карпуничка. Такая двойная «уменьшительность» (Карп → Карпуня → Карпуничка) встречается нечасто и говорит о том, что имя было в ходу в среде, где ценили внутрисемейные прозвища.

Фамилия построена по стандартной русской модели: основа Карпуничк- + суффикс принадлежности -ин, который отвечает на вопрос «чей?». Карпуничкин — значит «сын Карпунички». Это фамилия «двойного патронима»: она закрепилась за внуком, которого дома называли по дедушкиному ласковому прозвищу.

Есть и вторая, менее вероятная версия — что имя Карпуничка давали не в честь святого, а по рыбе карп. В дохристианской традиции такие «рыбные» имена (Карась, Ерш, Щука) были оберегами: считалось, что, назвав ребёнка Карпуничкой, родители передают ему плодовитость и живучесть карпа, а природа принимает такого малыша за своего. Однако для XVII–XVIII веков, когда фамилия оформлялась, церковные имена уже доминировали, поэтому версия с греческим «плодом» выглядит убедительнее.

По суффиксу -ин и окончанию -ы (Карпуничкин → Карпуничкины) фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — там такие «чья?» формы с -ин закреплялись во множественном числе для обозначения всего рода. О точной дате и месте возникновения данных нет, но модель образования указывает на время не ранее XVI века, когда двойные уменьшительные формы начали активно превращаться в наследственные фамилии.