Фамилия Карпутцева — женская форма фамилии Карпутцев, которая образована по редкой для русских фамилий модели с суффиксом -уцев. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Карпута (или Карпутец). Если отбросить суффикс принадлежности -ев, остаётся корень Карп-, который восходит к греческому имени Карп (от «карпос» — плод). В святцах это имя носил апостол от семидесяти, ученик апостола Павла, поэтому на Руси имя Карп было распространено и в крестьянской, и в купеческой среде.

Суффикс -ут(а) в русских прозвищах часто придавал слову оттенок «уменьшительности» или «неполноты» признака: ср. Горбута (от горб), Хрипута (от хрипеть). В случае с Карпутой это могло означать не «маленький Карп», а скорее «Карп по прозвищу» или «человек, похожий на Карпа» — возможно, с каким-то характерным качеством. Форма Карпутец (с суффиксом -ец) могла указывать на выходца из определённой местности или носителя прозвища, которое затем дало фамилию через притяжательный суффикс: сын Карпутца → Карпутцев.

Модель на -уцев встречается реже, чем на -ов или -ин. Она характерна для прозвищ, оканчивающихся на -ута, -утец. Географически фамилия Карпутцев фиксируется преимущественно в южнорусских и западнорусских областях (Брянская, Смоленская, Курская губернии), а также у переселенцев на Урал и в Сибирь. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и однодворцы с фамилией Карпутов — более простая форма от того же корня. Карпутцев, скорее всего, вариант, возникший при переписи, когда прозвище записали с суффиксом -ец, а затем образовали фамилию стандартным способом.

Таким образом, предок носительницы фамилии — человек по прозвищу Карпута или Карпутец, то есть либо носитель имени Карп в уменьшительной форме, либо обладатель какой-то внешней или поведенческой черты, за которую его так прозвали. Сословно — скорее всего, крестьянин или однодворец, живший на юге или западе России.