Фамилия Касеинова — редкий случай, когда тюркская основа встретилась с русским суффиксом принадлежности, но не с самым распространённым. Если бы фамилия была образована по стандартной модели, мы бы увидели Касеинов или Касеинов. Суффикс -ов указывает на «сына» или «потомка» человека, названного основой. Но здесь окончание -а выдаёт женскую форму фамилии: Касеинова — это «жена или дочь Касеина». В русской традиции женские фамилии на -ова образуются от мужских на -ов, и в данном случае исходная мужская фамилия — Касеинов.

Основа — Касеин — восходит к тюркскому имени или прозвищу. Вероятнее всего, это вариант имени Касым (араб. «распределяющий»), которое в тюркских языках могло звучать как Касеин, Косеин или Касеин. В казахском, башкирском, татарском языках имя Касым (Қасым) широко распространено, и его диалектные формы дали начало множеству фамилий. Менее вероятно, но не исключено, что основа связана с арабским «хасан» (красивый) через тюркское посредничество.

Географически фамилия Касеинова встречается в регионах с сильным тюркским субстратом — в Поволжье (Татарстан, Башкортостан), на Урале, а также в Казахстане. Это указывает на то, что предки носителя фамилии, скорее всего, были крещёными или обрусевшими татарами, башкирами или казахами. В XIX веке при переходе в православие или при получении официальных документов тюркские имена часто русифицировали, добавляя русские суффиксы, и фамилии вроде Касеинов закреплялись за целыми семьями.

С точки зрения социального статуса, Касеиновы могли быть крестьянами или мещанами, потому что дворянские фамилии в этом регионе чаще образовывались от полных арабских имён (например, Касимов) или имели окончание -ский. Но однозначно судить нельзя: в документах встречаются и купцы, и духовенство с подобными фамилиями. Единственное, что можно утверждать: фамилия не искусственная, а бытовая, возникшая естественным путём в среде, где тюркские имена смешивались с русской системой фамилиеобразования.