Фамилия Касикина в своей основе содержит редкое для русских фамилий слово «касик». В испаноязычном мире так называли вождей индейских племён в Центральной и Южной Америке. Однако для русского крестьянства или мещанства XVI–XVII веков такое заимствование маловероятно. Скорее всего, перед нами не экзотический, а местный, диалектный корень. В северных и сибирских говорах «касик» — это вариант слова «косик», то есть небольшой кусок, ломоть, или же «косец» — тот, кто косит траву. Переход «о» в «а» под аканьем дал форму «Касик», а суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Касикин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Касик.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище + суффикс -ин. Такие фамилии обычно возникали в среде, где отчество или прозвище отца закреплялось за детьми без изменений. Если предположить, что Касик — это прозвище от «косик» (кусок), то его мог получить человек, который отрезал большие ломти хлеба или торговал нарезанным товаром. Если же это «касик» как форма «косец», то предок был косарём. В любом случае, основа прозвищная, бытовая, а не книжная.

Встречаемость фамилии Касикина невелика, она сосредоточена преимущественно в центральных и южных областях России, где аканье исторически сильно. В документах XVIII–XIX веков можно найти единичные упоминания в Курской, Воронежской губерниях, что подтверждает её диалектное происхождение. Вариант с ударением на втором слоге — Каси́кина — более естественен для русского уха, хотя в некоторых семьях могли ставить ударение на первый слог под влиянием украинского или белорусского произношения.

Однокоренных фамилий немного: Касиков, Касикин, Касик. Все они образованы от того же прозвища и различаются только суффиксальным оформлением. Спор о том, не связана ли фамилия с индейскими касиками через казачьи контакты с Америкой, остаётся гипотезой без серьёзных доказательств: ни в реестрах запорожских казаков, ни в сибирских документах таких прозвищ не зафиксировано. Поэтому самая правдоподобная версия — русская диалектная основа, утратившая сегодня первоначальный смысл.