Фамилия Катер — редкий случай в русской ономастике, где основа совпадает с заимствованным словом, но её происхождение, скорее всего, не связано с плавсредством. Прямое значение «небольшое судно» пришло в русский язык из голландского (kater) или английского (cutter) в Петровскую эпоху, но фамилии на основе таких поздних заимствований почти не образовывались. Поэтому версия о том, что предок был судовладельцем или капитаном катера, хоть и красива, но сомнительна с точки зрения хронологии: массовое закрепление фамилий у крестьян и мещан завершилось к XVIII–XIX векам, а слово «катер» тогда было узкопрофессиональным и малопонятным для основной массы населения.

Гораздо логичнее искать корни в диалектной или иноязычной лексике. В южнорусских и украинских говорах «катер» или «катёр» могло означать «вид телеги, повозки» или даже «короткий кафтан» — здесь есть параллели с польским «kater» (род одежды). Если предок был извозчиком, портным или торговцем, прозвище Катер могло закрепиться за ним именно по предмету труда или характерной одежде.

Ещё одна версия — фонетическое искажение или усечение от более распространённых фамилий. Например, в документах XVII–XVIII веков встречаются прозвища Катерина, Катеринка (от имени Екатерина), которые могли сократиться до Катер в устной речи. Либо фамилия образована от тюркского имени Кадыр (Кадир) через форму Катер — такое возможно в среде татарских или башкирских родов, переходивших на русскую фамильную модель без характерного суффикса.

Суффикса в фамилии нет — это так называемая «чистая» основа, что нетипично для русской фамильной системы. Такие формы чаще встречаются у украинцев, белорусов или у русских, получивших фамилию по прозвищу без добавления -ов/-ев. Географически фамилия Катер встречается рассеянно: единичные носители есть в Поволжье, на Урале и в Сибири, что подтверждает версию о нескольких независимых источниках её возникновения.