Фамилия Кацапер — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений и не обросло типовыми фамильными суффиксами. Вы не встретите здесь привычных -ов или -ин: окончание -ер сразу выдаёт нерусское происхождение корня, хотя сама фамилия давно обрусела и бытует в русской среде.

Скорее всего, основа восходит к украинскому или белорусскому слову «кацап» — так в этих землях называли великороссов, особенно после вхождения Украины в состав Московского государства. Слово носило ироничный или пренебрежительный оттенок, а его происхождение связывают с тюркским «кассап» (мясник) — якобы русские едят телятину, в отличие от южных соседей. Суффикс -ер в фамилии — редкий для восточнославянской антропонимии, но встречается в западнорусских и украинских говорах под польским влиянием (ср. Кацапер вместо более ожидаемого Кацапенко или Кацапов). Таким образом, Кацапер — это «тот, кого считают кацапом» или «человек, связанный с кацапами».

Географически фамилия тяготеет к юго-западным регионам бывшей Российской империи: её носители встречаются в Черниговской, Киевской, Подольской губерниях, а также в Беларуси. В центральной России она почти не фиксируется. Это объяснимо: прозвище «кацап» было актуально именно на пограничье, где русские и украинцы жили рядом. Фамилию мог получить либо выходец из великорусских земель, переселившийся на юг, либо, наоборот, местный житель, перенявший московские обычаи или говоривший по-русски.

Встречается и альтернативная версия: от тюркского «капчи» (ловец, охотник) или «касап» (мясник) через посредничество крымскотатарского или турецкого. Но она менее вероятна — слово «кацап» прочно вошло в украинскую лексику именно как этноним, и фамилия Кацапер органично вписывается в ряд прозвищных фамилий на национальную тему: Хохлов, Ляхов, Поляк, Цыганков. Сословного барьера у неё не было: прозвище могли дать и крестьянину, и казаку, и мещанину.