Фамилия Кайки — один из тех редких случаев, где географический ключ важнее морфологического. По модели это типичная фамилия на -и, характерная для северорусских и сибирских говоров, где окончание -их/-ых со временем редуцировалось в -и (ср. Борзых — Борзы, Глухих — Глухи). Однако в случае с фамилией Кайки корень может указывать на две совершенно разные истории.

Первая и самая вероятная версия — финно-угорская основа. В карельском, вепсском и финском языках слово «kajka» или «kaika» означает «чайка». Для территорий бывшей Новгородской земли, Карелии и северо-запада современной России это типичное прозвище по внешнему сходству или повадкам: светловолосого, крикливого или суетливого человека могли прозвать Кайка. Суффикс -и в таком случае — это уже русская адаптация: «из семьи Кайки» — то есть Кайкины, Кайки. Фамилия могла закрепиться в форме родительного падежа множественного числа: «Чей? — Кайки», то есть из рода того самого Кайки.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование — прозвищное происхождение от глагола «кайкать» (диалектное, преимущественно в псковских и тверских говорах) — кричать, подавать голос, перекликаться. В этом случае Кайка — человек, который громко окликает, аукает в лесу или подаёт команды. Такое прозвище могли дать пастуху, леснику или старосте.

Фамилия крайне редкая. В современных справочниках и телефонных базах она встречается точечно — в основном в Карелии, Ленинградской и Архангельской областях, а также среди потомков переселенцев в Сибири. Никаких известных дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано, что типично для прозвищных крестьянских и мещанских фамилий северных губерний.

Интересная деталь: ударение в фамилии может падать как на первый, так и на второй слог (Кайки́ или Ка́йки). Второй вариант (с ударением на корень) чаще встречается у носителей, сохранивших память о прозвище, первый — в случаях, когда фамилия уже обрусела и потеряла связь с исходным словом.