Фамилия Кайкин образована по архаичной, но продуктивной в северных и северо-восточных говорах модели: от прозвища или мирского имени через суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»). Основа — «Кайка». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые преобладают в центральной России, -ин чаще встречается в Новгородской, Псковской, Вологодской и Архангельской землях, а также в Сибири, куда переселенцы принесли эту словообразовательную традицию.

Сам корень «кайк-» неоднозначен. Самое прямое объяснение — диалектное слово «кайка» (или «кайкать»). В архангельских и сибирских говорах так называли чайку — птицу семейства чайковых. Прозвище Кайка могли дать за голос (крикливый, похожий на птичий), за внешность (светлые волосы, напоминающие оперение), либо за манеру поведения — суетливую или «крикливое» отношение к делу. В этом случае фамилия относится к «птичьей» группе, как Соколов, Воробьёв, Чайкин.

Вторая версия, менее распространённая, но лингвистически допустимая: «кайка» — вариант слова «кайло» (кирка, инструмент для отбойки породы). В горнозаводских регионах Урала и Сибири так могли прозвать каменотёса, шахтёра или человека, работавшего с кайлом. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -к- в «кайке» скорее уменьшительно-ласкательный, а не орудийный, и в документах XVII–XVIII веков фиксируется именно прозвище Кайка, а не профессия «кайщик».

Третья, экзотическая версия — связь с тюркским «кай» (скала, утёс) или «кайкы» (кривой, изогнутый). Но фамилия Кайкин встречается преимущественно в русских регионах (Вологодская, Кировская области, Пермский край), а не в татарской или башкирской среде, где были бы более вероятны фамилии Кайков или Кайкин из тюркского корня. Поэтому для русского носителя основная версия — от прозвища по птице.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на первый слог: Кáйкин. Встречается вариант с ударением на второй слог (Кайкúн), но он характерен для украинизированной или южнорусской передачи, что для этой фамилии нетипично.

В целом, Кайкин — фамилия с прозрачной «северной» морфологией, указывающая на прозвище, данное по внешнему признаку или поведению. Предок мог быть жителем Поморья, Вятки или Прикамья, а его прозвище, скорее всего, не несло негативного оттенка — просто меткое бытовое имя.