Фамилия Кайстрова — женская форма редкой фамилии Кайстров. Её основа, скорее всего, связана с географическим названием. В русском языке есть топоним Кайстрово — так называются несколько небольших деревень, например, в Тверской области. Фамилии, образованные от названий населённых пунктов, обычно заканчиваются на -ский/-ской, но здесь мы видим суффикс -ов, что указывает на иную модель: предка могли прозвать «Кайстром» по месту, откуда он родом, а затем от этого прозвища возникла фамилия.

Слово «кайстра» в некоторых говорах означает «кошель, сумка» или «берестяной короб». Если прозвище Кайстр дали человеку, который носил такую сумку или делал их, то фамилия оказывается профессиональной или бытовой. Однако более вероятно, что корень — искажённое «костер» (костёр) или «костра» (жёсткая часть льна, отходы при трепании). Прозвище Костер или Костра могло относиться к человеку с рыжими волосами, запальчивым характером либо к тому, кто обрабатывал лён. Фонетическое изменение о → а (аканье) и последующее выпадение звука дали форму Кайстров.

Есть и версия, что фамилия восходит к финно-угорскому субстрату. В карельском и вепсском языках есть слово «kaist» — «полоса, узкая дорожка». Если предки жили на северо-западе России, прозвище Кайстр могло означать «живущий у полосы земли» или «узкоглазый». Эта гипотеза объясняет редкость фамилии: она привязана к локальной зоне контакта славян и прибалтийско-финских народов.

Суффикс -ов в фамилии Кайстров типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или неканонических имён. Он указывает на принадлежность: «сын Кайстра». Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о её происхождении из одного небольшого рода. В дореволюционных источниках Кайстровы фиксируются в основном в Новгородской и Тверской губерниях — именно там находятся деревни с похожими названиями и сильны акающие говоры.

Таким образом, скорее всего, предок носительницы фамилии Кайстрова получил прозвище по названию деревни Кайстрово или по занятию, связанному с кострой (льняными отходами). География и фонетика указывают на северо-западное происхождение рода.