Фамилия Каюдины — один из тех случаев, где за основой, скорее всего, стоит не имя, а прозвище, связанное с ремеслом или внешностью. Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Каюдины — это «дети Каюды».

Само прозвище Каюда выводят из двух источников. Первый и самый конкретный — от глагола «каючить», то есть рыбачить на каюке. Каюк или каючок — это небольшая плоскодонная лодка с двумя вёслами, распространённая на малых реках. Слово пришло в русские говоры из тюркских языков: турецкое kaik или татарское kajuk означают «лодка, челн, баржа». Если верна эта версия, предок Каюдиных был рыбаком или перевозчиком, чья работа была неразрывно связана с маленьким судёнышком.

Вторая версия отталкивается от татарского слова гәудә — «туловище, тело, стан». Здесь прозвище Каюда могло характеризовать человека по фигуре: статного, подтянутого, ладно сложенного. Эта гипотеза менее привязана к конкретному занятию, но тоже имеет право на существование, особенно если учесть, что тюркские заимствования в русских говорах Поволжья и юга встречаются часто.

Фамилия фиксируется в основном в центральных и южных регионах России, что косвенно подтверждает связь с речным промыслом. Окончательное время и место возникновения фамилии Каюдины можно установить только через углублённые генеалогические изыскания, но её основа — живое прозвище, данное по делу или по стати, — делает её характерным памятником народной славянской ономастики.