Фамилия Казаченко образована от прозвища Казак. Слово «казак» пришло в русский язык из тюркских языков: «kozak» означало «скитаться, бродить», а также «смелый, проворный», «неженатый, холостой» или даже «зверь, отлучившийся от стада». Прозвище Казак могли дать вольному, независимому человеку, не привязанному к оседлой жизни, либо тому, кто отличался удалью и бесстрашием.

Фамилия построена по распространённой украинской модели с суффиксом -енко. Этот суффикс (вместе с -ко, -чук) — один из главных маркеров украинской антропонимии. В буквальном смысле Казаченко — «сын Казака» или «потомок человека по прозвищу Казак». Такая модель активно работала в XVI–XVII веках, когда фиксировались казачьи реестры и переписи. Если носитель фамилии — украинец или выходец с юга России, корни почти наверняка уходят в казачью среду.

В русском языке фамилия могла возникнуть и на основе той же тюркской лексики, но с тем же прозвищем. В документах XVII–XVIII веков встречаются записи «Казак» как личное прозвище, которое потом закрепилось за детьми уже в форме Казаченко. Позже это прозвище полностью вытеснило исходное наследственное имя и в быту, и в официальных бумагах.

Суффикс -енко в фамилии Казаченко — не просто указание на родство, но и социальный маркер. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались у крестьян и мещан центральной России, фамилии на -енко в XVIII–XIX веках были типичны для казачьих и крестьянских родов Левобережной и Слободской Украины. Именно в этих регионах фамилия Казаченко встречается чаще всего и сегодня.

География фамилии подтверждает эту версию: наибольшая плотность носителей — в Черкасской, Полтавской, Харьковской областях Украины, а также в Краснодарском крае и Ростовской области России. В этих местах исторически жили запорожские и донские казаки, а прозвище Казак было настолько распространено, что дало начало целому гнезду однокоренных фамилий: Казаков, Казаченко, Казачук, Казакевич.