Фамилия Казаченков образована от прозвища Казача, которое восходит к слову «казак». В тюркских языках kozak имеет несколько значений: «скитаться, бродить», «смелый, проворный», а также «неженатый, холостой» или «зверь, отлучившийся от стада». Скорее всего, прозвище указывало на свободный, самостоятельный нрав предка или на его социальное положение — вольного человека, не приписанного к общине.

Обратите внимание на суффикс -енков. Такая модель фамилий типична для восточной Украины и южных областей Белоруссии. Первоначальная форма, Казаченко, означала «сын Казачи» или «маленький Казача». При продвижении на север, в великорусские земли, к ней добавили фамильный суффикс -ов, чтобы адаптировать к местной грамматике. Так Казаченко превратился в Казаченкова — по тому же принципу, что и, например, Ткаченко в Ткаченкова.

В отличие от более распространённых Казаковых или Казачковых, эта фамилия сохранила уменьшительно-ласкательный оттенок прозвища Казача. Это не просто «казак», а скорее «казачок» — младший, молодой или невысокий ростом. В словаре Б. Унбегауна такие формы отмечены как характерные для украинско-белорусского пограничья.

На Дону и Кубани слово «казак» было самоназванием сословия, поэтому там фамилии с этим корнем встречаются реже — они избыточны. А вот в Черниговской, Полтавской или Могилёвской губерниях, где казачество было не сословием, а родом занятий или просто прозвищем, фамилии типа Казаченков прижились легко.