Фамилия Казаченкова — женская форма фамилии Казаченков. В её основе лежит прозвище Казача, которое восходит к слову «казак». Это слово пришло в русский язык из тюркских наречий, где «kozak» означало «скитаться, бродить», а также «смелый, проворный», «неженатый, холостой» или даже «зверь, отбившийся от стада». Поэтому прозвище Казача могло указывать не столько на род занятий, сколько на свободный, независимый нрав предка — человека, который не сидел на месте и не был связан оседлым хозяйством.

Суффикс -енко в основе фамилии — характерная деталь. На восточнославянских землях, особенно в Белоруссии и на Украине, этот суффикс традиционно означал «маленький» или «сын»: Казаченко — буквально «сын (или потомок) Казаки». Такие фамилии массово закреплялись в XVI–XVII веках, когда прозвище переставало быть личным и переходило к детям в качестве родового имени. Таким образом, фамилия Казаченков (и её женский вариант Казаченкова) по модели образования стоит в одном ряду с десятками тысяч других фамилий на -енко, распространённых на юго-западе России, в Беларуси и на Украине.

Версия о том, что прозвище Казача могло напрямую указывать на принадлежность к казачьему сословию, не самая надёжная. На территориях, где суффикс -енко был особенно употребителен, казачество как военное сословие не было столь массовым, как на Дону или Кубани. Гораздо вероятнее, что прозвище закрепилось за человеком из-за его характера или образа жизни — например, за вольным крестьянином, ушедшим от помещика, или за неженатым бродягой. В любом случае, фамилия Казаченкова доносит до нас народную характеристику далёкого предка, которую ему дали по главной черте — независимости и смелости.