Фамилия Казачинер — редкий случай, когда прозвище, профессия и этноним соединились в одной словообразовательной модели, причём не самой очевидной для русского уха. В основе лежит слово «казак» или «казачий», но суффикс -ер выдаёт нерусский путь формирования. Это не типичное русское окончание вроде -ов или -ин, а скорее немецкий или еврейский (идишский) суффикс деятеля, аналогичный русскому -щик или -тель. Таким образом, Казачинер буквально означает «тот, кто связан с казаками» или «казачий человек».

Самый вероятный сценарий происхождения — еврейская фамилия из черты оседлости (территории современной Украины, Белоруссии, Молдовы), где еврейское население нередко получало фамилии по роду занятий или по соседству с другими этническими группами. В данном случае предок мог быть поставщиком для казацких войск, содержать постоялый двор для казаков или торговать с ними. Суффикс -ер в таких фамилиях (ср. Шнайдер — портной, Фишер — рыбак) как раз и указывает на профессию или характерный признак. Менее вероятно, но возможно, что фамилия образована от прозвища «Казачинер», данного человеку, который перенял казачьи манеры, одежду или служил в казачьем полку, но не был казаком по происхождению.

Интересно, что в русской ономастике есть похожая модель — фамилии с суффиксом -ич (Казачич, Казакевич), но -ер — однозначный маркер западного влияния, скорее всего, через немецкий или польский языки. В Польше и Галиции фамилии на -er были распространены среди мещан и евреев. Географически фамилия Казачинер встречается крайне редко, в основном в документах XIX — начала XX века из Подольской, Киевской и Волынской губерний. После эмиграции конца XIX — начала XX века носители фамилии оказались в США, Аргентине и Израиле, где фамилия сохранилась в почти неизменном виде.

С точки зрения словообразования, основа «казач-» могла быть напрямую заимствована из украинского или польского языков (ukr. козак, пол. kozak), а затем к ней добавили продуктивный в идише суффикс -ner, обозначающий принадлежность к месту или занятию. То есть Казачинер — это «казачник», человек из казачьего окружения. Фамилия не дворянская и не крестьянская в классическом русском понимании — она относится к сословию местечковых ремесленников и торговцев, что и объясняет её редкость и необычное звучание для современного русского уха.