Фамилия Казначеевские — одна из тех, что прямо указывает на занятие предка. В её основе лежит прозвище Казначей, а значит, родоначальник был человеком, который ведал казной — государственной или княжеской. В духовных грамотах московских князей казначей упоминается наравне с тиунами домосковской Руси: и те, и другие отвечали за сохранность княжеских доходов. При Иване III казначей стал дворовым чином, стоявшим впереди думных дворян. Он управлял Казённым двором или приказом, собирал пошлины и оброки, а также вёл книги, куда записывали акты на холопство — с каждой такой записи полагалась особая пошлина. Сбор пошлин давал казначею и широкие судебные полномочия: он судил тех, кто эти пошлины платил. В XVI веке казначеи были приближёнными к царю людьми, их назначали вести переговоры с иностранными послами, как это случилось в 1494 году. К середине XVII века, с развитием приказной системы, ведомство казначея сильно сократилось: доходы передали в финансовые приказы, а холопьи дела — в Холопий приказ. На должность казначея обычно ставили людей неродовитых, но она открывала путь к боярству. Так что предок Казначеевских с большой вероятностью служил при царском или княжеском дворе.

Фамилия образована по польско-украинской модели с суффиксом -евск(ий), что характерно для шляхетских и казацких родов. Первоначально прозвище Казначей закрепилось за человеком, а затем, когда фамилии стали передаваться по наследству, к основе добавили типичный для знатного сословия суффикс. Получилась форма Казначеевский — «принадлежащий Казначею», «из рода Казначея». Встречается и вариант Казначеевские, где окончание указывает на множественное число, то есть на весь род целиком. Точное время возникновения фамилии установить трудно, но процесс формирования таких фамилий шёл в XVI–XVII веках, особенно на землях Речи Посполитой и в южнорусских областях.