Фамилия Казначеенко — один из тех случаев, когда прозвище предка напрямую называло его должность, причём должность высокую и доверенную. В основе лежит слово «казначей», а суффикс «-енко» указывает на украинское или южнорусское происхождение: в этих землях «-енко» означало «маленький», «сын» или «потомок». Таким образом, Казначеенко — буквально «сын казначея» или «потомок того, кто был казначеем».

Прозвище Казначей относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности. Однако за этим прозвищем стоит не просто ремесло, а целая история государственной службы. В духовных грамотах московских князей казначей упоминается наряду с тиунами домосковской Руси; и те, и другие были хранителями княжеских прибытков. При Иоанне III казначей — дворовый чин, занимавший место впереди думных дворян. Он ведал казенный двор или приказ, а вместе с тем и государевы доходы, получая разные пошлины и оброки.

Ведомству казначея подлежали также дела о ведении книг, в которые записывались акты на холопство — вероятно, потому что существовала особая пошлина с поступления в холопство. Со сбором пошлин соединен был и суд над теми, кто пошлины платил: отсюда широкая судебная компетенция казначея. В XVI веке казначеи выступают вообще в качестве доверенных и приближенных к царю лиц. Как доверенные люди, казначеи назначались вместе с боярами вести переговоры с иностранными послами, как это было, например, в 1494 году.

К середине XVII века, по мере развития приказных учреждений, широкое ведомство казначея сильно сократилось. Доходы переданы были в финансовые приказы разного наименования, холопьи дела — в холопий приказ. На должность казначея обыкновенно назначались люди новые, не родовитые, но она прокладывала дорогу к боярству.

Таким образом, вполне возможно, что основатель рода Казначеенко состоял на службе при царском дворе. Но важно и другое: сама фамилия сложилась не в Москве, а на украинских землях, где «казначей» был известен и понятен, но где суффикс «-енко» стал главным способом образовать фамилию. По сравнению с великорусскими фамилиями Казначеев или Казначей, украинская модель Казначеенко встречается реже — и потому более локальна. Она крепко привязана к территории современной Украины и юга России, где в XVI–XVII веках казацкая старшина и шляхта активно заимствовала московские чины и названия должностей, переделывая их на свой лад.