Фамилия Казначенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала массово вытеснять более ранние прозвища и отчества. Суффикс -енко в буквальном смысле означал «маленький» или «сын», поэтому изначально Казначенко — это «сын казначея». Основа фамилии — не имя и не географическое название, а должность.

Казначей на украинских землях (как и в Русском государстве) был важным человеком: он ведал казной, деньгами, ценностями. В Запорожской Сечи казначей входил в старшинскую администрацию, а в гетманских полках эта должность была выборной. Прозвище «Казначей» могли дать либо человеку, который действительно служил казначеем, либо тому, кто вёл дела расчётливо и прижимисто, либо, наоборот, щедро и небрежно тратил деньги — прозвища часто давались по контрасту.

Ударение в фамилии чаще всего падает на второй слог: Казна́ченко. Встречаются варианты с ударением на третий (Казначе́нко), но это, скорее, влияние южнорусских говоров. В польских метриках XVIII века фамилию могли записывать как Kaznaczenko, что подтверждает её восточнославянское происхождение и связь с Речью Посполитой, где украинские фамилии фиксировались латиницей.

Редкость фамилии в том, что она не перешла в более «великорусскую» форму Казначеев — сохранился именно украинский патроним. Это говорит о том, что носители фамилии долго оставались в среде украинского казачества или мещанства, не ассимилировавшись в великорусскую систему образования фамилий на -ов. В списках казаков Полтавского и Черниговского полков XVII–XVIII веков встречаются отдельные упоминания Казначенко, хотя фамилия не была столь распространённой, как, скажем, Писаренко или Сотниченко.

В современной России фамилия встречается редко, чаще — на Украине и в южных областях России (Кубань, Ростовская область), куда переселялись запорожские казаки.