Фамилия Келий образована от именования, которое, предположительно, восходит к слову «келия» («келья»). Даля это слово трактуется как «комната инока, покойчик монаха», «одинокий, удаленный покойчик», «одинокая избенка нетяглого крестьянина». Соответственно, именование келий мог получить крестьянин, живший в некотором удалении от селения или человек, склонный к уединенной жизни. Не исключено, что именование Келий этимологически связано со словом «келейник», которое, по В. Далю, означает «служитель монашествующему лицу, послушник или монах», «скитник, раскольник из скита», «бобыль, живущий в деревне в келейном ряду, без крестьянского хозяйства». Также возможно, что именование Келий является краткой формой редкого имени Кельсий, которое образовано от латинского «цельсус» («кельдус») – «возвышенный».