Фамилия Кенжаеи — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но именно эта прозрачность и таит главную загадку. Если отбросить конечное «и», которое в русских фамилиях чаще всего указывает на суффикс принадлежности (чей? — Кенжаев), то перед нами явная тюркская основа. Вероятнее всего, в основе лежит имя Кенжа или Кенже. В тюркских языках, особенно в казахском, киргизском и каракалпакском, слово «кенже» означает «младший», «последний ребенок» или «младший сын». Таким образом, первичное значение фамилии — «принадлежащий младшему», «сын младшего».

Однако форма Кенжаеи, а не привычная Кенжаев, заставляет задуматься. Классическая русская модель образования фамилий от тюркских имен — это добавление суффикса -ов/-ев: Кенжа → Кенжаев. Вариант с окончанием «-и» может быть результатом нескольких процессов. Во-первых, это могла быть диалектная или региональная особенность русской записи, где фамилии на -их/-ых (типа Косых, Черных) встречаются в северных и центральных областях России. Но в данном случае корень явно не русский, и такое окончание могло появиться при адаптации фамилии в среде, где преобладали фамилии на -ий (например, украинские или польские влияния). Во-вторых, не исключено, что изначальная форма была Кенжаев, но при записи в документах (например, при переписи населения в Средней Азии или на Кавказе) произошла замена суффикса под влиянием местных языков, где окончания «-и» или «-ий» более типичны для притяжательных форм.

Социальный контекст тоже подсказывает, что носители фамилии Кенжаеи, скорее всего, происходят из среды, где тюркские имена были основными. Среди казахов и киргизов имя Кенже было распространено, и его давали младшему сыну, который по традиции часто оставался жить с родителями и наследовал дом. Соответственно, предок человека с этой фамилией мог быть тем самым младшим сыном в роду, чье прозвище закрепилось за потомками.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Кенжебаев, Кенжегулов, Кенжаев) показывает, что вариант Кенжаеи стоит особняком. Он не вписывается ни в стандартную русскую, ни в стандартную тюркскую модель. Это говорит либо о поздней фиксации фамилии в письменных источниках (когда орфография уже устоялась, но с ошибкой), либо о том, что фамилия сформировалась в изолированной группе, где правила словообразования отличались от общепринятых. В любом случае, искать корни стоит в среде, где имя Кенжа (младший) было личным, а не родовым.

География бытования фамилии Кенжаеи, судя по всему, тяготеет к южным регионам бывшего СССР — Казахстан, Киргизия, Узбекистан, а также к тюркоязычным общинам на Северном Кавказе. В России она встречается редко, что подтверждает её локальный характер.