Фамилия Кер — короткая и необычная для русского уха. Чтобы понять её происхождение, нужно сразу отказаться от привычной модели «прозвище + суффикс -ов/-ин», потому что здесь нет ни одного из этих суффиксов. Фамилия Кер — это чистая основа, прозвище или имя, которое не стали переделывать в притяжательное прилагательное. В русской традиции такие фамилии чаще всего встречаются у обрусевших немцев, евреев или представителей других народов, либо же являются искусственно сокращённой формой более длинной фамилии.

Самая распространённая версия возводит фамилию Кер к немецкому слову «Kehr» — «поворот» или «разворот». В Германии и среди немецких колонистов в России так могли прозвать трубочиста (слово «Schornsteinfeger» в быту часто заменяли на «Kehr»), либо человека, который жил у крутого поворота дороги. Немецкие фамилии на -er часто указывали на профессию, и Кер могло быть сокращением от «Kehrmann» — «чистильщик». Вторая версия — еврейская: фамилия Кер (или Керр) могла быть акронимом от словосочетания «Кеѓудат Рабанан» — «община раввинов», либо топонимической, от немецкого города Кер (Kehr) или местечка Кер в Восточной Пруссии.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими языками. В татарском или башкирском «кер» означает «входи», «заходи» или «вход». В этом случае прозвище могли дать привратнику, сторожу или человеку, который жил у ворот. Однако для русского крестьянского быта такая основа нетипична, и фамилия Кер у русских — большая редкость.

С точки зрения словообразования, фамилия Кер стоит особняком: она не имеет патронимического суффикса, поэтому её склонение зависит от пола носителя (мужская склоняется, женская — нет). Это ещё один признак того, что фамилия попала в русский язык уже в готовом виде, а не образовалась на русской почве от прозвища. О точном месте и времени возникновения фамилии Кер в России говорить сложно: процесс её закрепления шёл через метрические книги лютеранских приходов и документы черты оседлости, а не через традиционные русские переписи. Тем не менее, фамилия Кер — заметный памятник межкультурного взаимодействия, где за четырьмя буквами может скрываться и немецкий трубочист, и еврейский книжник, и татарский привратник.