Фамилия Керган — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение неочевидно, и, скорее всего, она не является исконно русской в привычном понимании (от прозвища или крестильного имени). Чтобы понять её корни, нужно отвлечься от типичных славянских суффиксов и посмотреть в сторону тюркских или кавказских языков.

Вероятнее всего, фамилия образована от тюркского прозвища или имени. Основа «кер» или «керг» в тюркских наречиях имеет несколько значений: «упрямый», «гордый», «крепкий», а также может быть связана со словом «кер» — «могила, гробница». Суффикс «-ан» в тюркских языках часто выполняет функцию аффикса принадлежности или увеличительности. Таким образом, Керган могло означать «принадлежащий к роду Кера» или «большой, сильный (упрямый)». Есть и другая версия: фамилия могла возникнуть как русифицированная форма калмыцкого или монгольского имени Керген (от «керг» — «дело, нужда»), что давало бы значение «деловой, занятой человек».

Менее вероятно, но возможно, что фамилия связана с топонимом. На карте есть несколько небольших объектов с таким названием: например, гора Керган в Крыму или река Керган в Азербайджане. В этом случае фамилия могла достаться человеку, выходцу из той местности. Однако для русского фамильного суффикса «-ов» или «-ин» здесь нет места, а окончание «-ан» нетипично для русских прозвищных фамилий, что и указывает на иноязычное происхождение.

Встречается фамилия Керган в основном на юге России, в Поволжье и в Закавказье, что косвенно подтверждает её тюркские корни. Носители фамилии в Российской империи могли быть из числа татар, башкир, ногайцев или казахов, которые при переходе в православие или при получении паспортов получали русифицированную запись своей родовой клички.

Если говорить о социальном контексте, то обладатели такой фамилии вряд ли принадлежали к дворянству. Скорее, это были крестьяне, казаки или ремесленники, чей предок получил прозвище за характер или род занятий. Фамилия не получила широкого распространения, поэтому её носителей сегодня мало, и она сохраняет отчётливый колорит степных народов.