Фамилия Кешишева хранит память о занятии предка, и её основа — прозвище Кешиш. Оно восходит к турецкому слову «кешиш», что значит «христианский монах» или «священник». Такие именования относились к профессиональным: прозвище мог получить человек, служивший в церкви. Со временем потомков того, кого называли Кешиш, стали записывать как Кешишевых.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа Кешиш дала форму Кешишев (с чередованием ш/ш перед суффиксом). Женский вариант Кешишева — это форма родительного падежа, которая в русской традиции закрепилась за замужними женщинами и дочерьми.

География фамилии разбросана: в Книге памяти Республики Башкортостан упомянут Николай Константинович Кешишев, родившийся в 1905 году в городе Орджоникидзе (ныне Владикавказ), и Тигран Александрович Кешишев 1902 года рождения из Крыма. Эти записи не столько указывают на массовое бытование в одном регионе, сколько подтверждают, что носители фамилии встречались на юге России и в Закавказье — в зоне исторических контактов с тюркскими языками, откуда и пришло слово «кешиш».

Среди известных представителей — Константин Одиссеевич Кешишев (род. 1945), российский физик-экспериментатор, член-корреспондент РАН. Его работа в науке показывает, что фамилия, начавшись с прозвища по духовному сану, вполне благополучно перешла в среду светской интеллигенции XX века.