Фамилия Хабардин — редкая, но прозрачная по происхождению. Она относится к группе русских фамилий на -ин, которые образованы от основ, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае основа — Хабарда. Это либо прозвище, либо, что вероятнее, вариант фамилии Хабардов, где под влиянием народной этимологии или диалектного произношения конечное -ов заменили на -ин.

Корень «хабар» в русских говорах имеет два основных значения. Первое — «барыш, прибыль, удача». В старину «хабаром» называли взятку или неожиданный доход (отсюда «хабарщик» — взяточник). Второе значение — «весть, новость, известие» (из тюркских языков, ср. «хабар» — весть). Таким образом, прозвище Хабарда могли дать человеку удачливому, умеющему извлекать выгоду, либо, наоборот, болтуну или вестнику.

Модель образования через суффикс -ин (-а + -ин) типична для севернорусских и некоторых центральных регионов. Фамилии на -ин от прозвищ с конечным -а часто бытовали в Новгородской, Вологодской, Архангельской губерниях. В отличие от южнорусских фамилий на -ов, здесь акцент смещён на принадлежность конкретному лицу: «чей?» — Хабардин, то есть сын или потомок Хабарды.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Хабаров, Хабаренко, Хабарков) показывает, что Хабардин — одна из самых редких ветвей этого гнезда. Если Хабаровых много по всей России, то Хабардины встречаются локально. В дореволюционных переписях эта фамилия фиксировалась преимущественно в Вятской и Пермской губерниях, что косвенно подтверждает её северное происхождение.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским. Дворянских родов Хабардиных в истории не отмечено, что типично для фамилий, образованных от бытовых прозвищ, а не от имён или географических названий. Фамилия не изменила форму за последние триста лет и не имеет вариантов с «ять» или двойными согласными, что говорит о её устойчивом бытовании в письменных источниках.