Фамилия Халфина — это женская форма, а её мужской вариант — Халфин. В русской традиции такие фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае основа — Халфа. Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Халфы, дочь Халфы). Вопрос в том, что стоит за самим именем Халфа.

Самая вероятная версия ведёт к арабскому имени Халиф (или Халифа), что значит «преемник», «наместник» или «заместитель». В исламской традиции это титул верховного правителя, но как личное имя он был распространён гораздо шире, особенно среди татар и башкир. В русской среде при адаптации имя Халиф могло утратить конечный звук и превратиться в Халфа — так же, как Галим становилось Галма. Соответственно, Халфин — это «сын Халфы», то есть потомок человека по имени Халиф.

Реже, но не исключено, что в основе лежит прозвище, связанное с тюркским словом «халфа» (или «хальфа») — так в некоторых регионах называли учителя, наставника или грамотного человека при мечети. В этом случае фамилия могла закрепиться за детьми такого учителя, но профессиональная версия уступает по распространённости антропонимической, от имени.

Географически фамилия Халфин (и Халфина) чаще всего встречается в среде татар, башкир и других тюркоязычных народов Поволжья и Урала. В русских документах она фиксируется с XVIII–XIX веков, когда у мусульманского населения начали массово появляться фамилии по отцу. Фамилия не относится к дворянским или купеческим — её носителями были в основном крестьяне, мещане и служилые люди из татарских общин.

В написании возможна путаница: фамилию Халфина нередко смешивают с Халфиной (через «и»), но последняя встречается реже и может иметь другое происхождение — например, от греческого имени Халфия. Для носительницы фамилии Халфина точное указание на татарские или башкирские корни — наиболее надёжный ориентир.