Фамилия Ханча — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но происхождение при этом остаётся неочевидным. В русском языке она выглядит как заимствованная, и это первое, что бросается в глаза. Основа «ханча» не имеет славянской этимологии, и её разбор требует выхода за пределы привычных восточнославянских моделей.

Скорее всего, фамилия Ханча восходит к тюркскому корню. В тюркских языках «хан» — титул верховного правителя, вождя. Суффикс «-ча» в тюркском словообразовании часто придаёт уменьшительное или ласкательное значение, а также может указывать на принадлежность или сходство. Таким образом, «ханча» могло означать «маленький хан», «ханчик» или «тот, кто подобен хану» — прозвище, данное либо ребёнку в знатной семье, либо человеку с властным, горделивым характером. В русской среде такое прозвище могли дать выходцу из татарской или башкирской среды, либо русскому, получившему его за повадки.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с украинским или польским диалектным словом «ханча» — так в некоторых регионах называли вид сабли или кинжала (от тюркского «ханжар»). В этом случае прозвище мог получить мастер-оружейник или воин, известный своим клинком. Однако эта гипотеза слабее: слово «ханча» в значении оружия встречается редко и локально, а титульная основа «хан» — куда более распространённый источник фамилий у народов Поволжья и Кавказа.

Фамилия не имеет типичного русского суффикса (-ов, -ев, -ин), что указывает на её относительно позднюю фиксацию в документах или на сохранение исходной тюркской формы без русификации. Географически носители фамилии Ханча встречаются в Татарстане, Башкортостане, а также среди крымских татар. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков эта фамилия почти не попадается, что подтверждает её позднее вхождение в общероссийский обиход. В целом, наиболее правдоподобное объяснение — прозвище от титула «хан» с уменьшительным суффиксом, закрепившееся за родом или одним из его основателей.