Фамилия Хандан — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно славянскими корнями. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён, прозвищ или профессий, Хандан несёт в себе иноязычный след, и разобрать его можно только через географию и историю контактов народов.

Самая вероятная версия — восточное происхождение. В тюркских языках (например, в татарском, башкирском, азербайджанском) слово «хандан» имеет значение «ханский род», «знатного происхождения» или «благородный». Оно сложено из двух частей: «хан» (титул правителя) и аффикса «-дан», который указывает на принадлежность или происхождение. Таким образом, прозвище Хандан могли дать человеку, который либо действительно вёл свой род от знати, либо, что чаще в крестьянской среде, получил его как почётное прозвище за гордый нрав или внешнее сходство с «ханом».

Фамилия могла попасть в русскую среду через татарских мурз, переходивших на службу к московским князьям, или через выходцев из Казанского и Крымского ханств после их присоединения. В таком случае фамилия сохранилась в неизменной форме, без добавления типичных русских суффиксов -ов, -ев или -ин, что и выделяет её из общего ряда. Встречается она преимущественно в Поволжье, на Урале и в северокавказских республиках, где сильны тюркские языковые традиции.

Менее вероятная, но не исключённая версия — армянское происхождение. В армянском языке есть слово «խանդան» (khandan), означающее «смеющийся», «весёлый». Если фамилия пришла из Закавказья, то её основой могло стать личное прозвище жизнерадостного человека. Однако армянский вариант чаще оформлялся бы с окончанием -ян (Ханданян), так что форма без суффикса — аргумент в пользу тюркской гипотезы.

Фамилия Хандан не относится к числу древних боярских или дворянских родов России — в дореволюционных родословных книгах она не значится. Скорее всего, её носители — потомки служилых татар, купцов или крестьян, которые сохранили родовое прозвище без русификации. Сегодня эта фамилия остаётся малочисленной и локальной, что делает её своеобразным маркером: если вы встретили Хандана, велика вероятность, что его корни уходят в тюркскую или кавказскую среду.