Фамилия Ханжинова — женская форма мужской фамилии Ханжинов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Ханжа. Слово «ханжа» в русском языке имеет два значения, и оба могли стать источником фамилии, хотя одно из них почти наверняка первично.

Самое очевидное и широко известное значение — «лицемер, притворно набожный человек». Однако в народной речи, особенно в южнорусских и украинских говорах, «ханжой» называли также попрошайку, нищего, который ходит по дворам. Прозвища по социальному положению или поведению — один из древнейших пластов русских фамилий. Второе значение, лицемерное, скорее всего, появилось позже, как переносное, и закрепилось в литературном языке. Поэтому для XVI–XVII веков, когда формировались фамилии на -ов/-ин, более вероятна основа «ханжа» в значении «нищий, калека, просящий подаяние». Прозвище могли дать бедняку, страннику или человеку, который часто просил.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ханжин — сын или потомок Ханжи. Форма Ханжинов — вторичная, более редкая. Она могла возникнуть под влиянием фамилий на -ов, если исходная фамилия Ханжин казалась нетипичной для данной местности, или через патроним «Ханжинов сын», где -ов- — вставка для благозвучия. Такая модель встречается, но не массово.

Географически фамилия редкая. Её можно встретить в Поволжье и на Урале, где было много переселенцев из южных губерний. Встречается и в казачьей среде, где прозвища часто отражали не столько характер, сколько внешние обстоятельства жизни.

Других этимологий, например, от тюркского корня (хан + жа), у этой фамилии нет — звучание обманчиво, но слово «ханжа» исконно русское, зафиксированное в словарях Даля и Фасмера.