Фамилия Харгина — женская форма фамилии Харгин, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. В основе фамилии лежит имя или прозвище Харга. Чтобы понять корень, обратимся к диалектной лексике. В русских говорах, особенно северных и уральских, слово «харга» означало «кривой, сучковатый ствол дерева», «коряга», а в переносном смысле — «нескладный, угрюмый человек». Не исключено, что так называли человека с неровным, «корявым» характером или с физическим изъяном.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Харгин буквально означает «сын или потомок Харги». Это типичная патронимическая фамилия, распространённая в северорусских и сибирских регионах, где прозвища на -а были особенно частотны. Фамилия могла возникнуть и от карельского или вепсского имени, так как слово «harga» в прибалтийско-финских языках означает «вилы» или «развилина» — опять же, образ чего-то раздвоенного, кривого.

Географически фамилия Харгина встречается в основном в Архангельской области, в Карелии, а также в Сибири, куда переселенцы принесли её с Русского Севера. В документах XVII века, например, в переписных книгах Олонецкого края, упоминаются крестьяне с прозвищем Харга. Сословно носители фамилии — преимущественно государственные крестьяне, реже — казаки. В отличие от многих фамилий, у Харгиной нет связи с церковными именами или тюркскими корнями, что делает её чисто диалектным, «лесным» прозвищем, привязанным к природе и быту северного крестьянина.