Фамилия Харкин (и её семейная форма Харкины) ведёт начало от просторечного имени Харка — так в народе звали человека, носившего церковное имя Харитон. В переводе с греческого это имя означает «благодатный, радостный», и такое значение наверняка отражало пожелание ребёнку лёгкой и счастливой судьбы. Имя Харка возникло в живой разговорной речи: полное, книжное Харитон было длинным и непривычным для повседневного обихода, поэтому крестьяне и горожане сокращали его на свой лад, как это случилось, например, с именами Гаврила (от Гавриил) или Микитка (от Никита).

Модель образования фамилии простая и очень распространённая: к основе Харк- добавили притяжательный суффикс -ин, который указывал на принадлежность. Первоначально Харкин означал «сын Харки» или «человек из семьи Харки», и только позже это прозвание закрепилось за целым родом. Такие фамилии на -ин в русском языке встречаются не реже, чем на -ов, и чаще всего они образованы от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а или -я, что как раз соответствует форме Харка.

Стоит заметить, что Харкин — не единственная фамилия, рождённая от этого имени. В русских говорах бытовали и другие народные варианты имени Харитон: Харитонов, Харитонихин, Харламов (от Харлампий, но иногда путали), а также Харькин, где корень тот же, но с беглым гласным. Фамилия Харкин могла писаться и через мягкий знак — Харькин, и такие расхождения в документах XIX века встречаются даже у одной семьи, что объясняется неграмотностью писарей, записывавших фамилию на слух.

О точном месте возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и подобные отчества-прозвища появлялись независимо в разных регионах. Однако можно предположить, что фамилия Харкин чаще встречалась в северных и центральных губерниях России, где имя Харитон было особенно любимо, а просторечные формы имён приживались легче. В документах XVII–XVIII веков упоминаются крестьяне и посадские люди с такой фамилией, но конкретных знаменитых носителей, оставивших след в истории, среди Харкиных нет — это типичная фамилия простого люда, которая тем не менее сохранила память о давнем имени и о том, как русский язык перекраивал чужеземные имена на свой лад.