Фамилия Харковенко образована по распространённой украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVIII веках означал «сын» или «потомок» (как Харько → Харьков сын → Харковенко). В основе лежит имя Харько — народная, уменьшительная форма канонического имени Харитон (от греческого харис — «милость», «благодать»). Таким образом, Харковенко буквально означает «потомок Харька» или «сын Харько».

Интересный нюанс: хотя фамилия звучит «по-харьковски», к городу Харькову она прямого отношения не имеет. Связь здесь обратная — название города (основан в середине XVII века) тоже произошло от имени Харько, предположительно от казака Харька, основавшего поселение. Поэтому Харковенко и Харьков — этимологические родственники, но фамилия не «городская», а патронимическая, то есть указывающая на конкретного предка по имени.

В украинской ономастике фамилии на -енко чаще всего встречаются в центральных и левобережных регионах — Полтавщине, Черниговщине, Киевщине, Слобожанщине. Харковенко — типичный пример казацкой или крестьянской фамилии, которая фиксировалась в реестрах Войска Запорожского и метрических книгах XVIII–XIX веков. Сословной элитарности она не несла: такие фамилии носили и рядовые казаки, и мещане, и позже крестьяне.

Встречаются варианты написания: Харьковенко (с мягким знаком, более близкий к исходной форме имени) и Харковенко (без мягкого знака, как результат упрощения в письме или при русификации). Оба варианта считаются корректными, но форма без мягкого знака распространена шире, особенно в документах советского периода.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Харченко — самая массовая производная от того же Харька (с суффиксом -енко без промежуточного -ов-). Харковенко встречается реже и сохраняет более архаичную словообразовательную цепочку: имя → притяжательное прилагательное (Харьков) → фамилия на -енко.