Фамилия Харимов — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В основе, скорее всего, лежит неканоническое (нецерковное) имя или прозвище Харим. В древнерусском языке слово «харим» или «харым» могло означать «хитрец», «лукавый человек», «обманщик». Это слово родственно современному «хитрить» и диалектному «харюзить» — делать что-то нечестно, с подвохом. Соответственно, Харим — это прозвище, которое давали человеку с хитрым, изворотливым умом. Судя по суффиксу -ов, фамилия образовалась на территории, где преобладала модель отчества на -ов (север и центр России, Поволжье), а не на -ин (который чаще давали от основ на -а/-я).

Есть и вторая, менее очевидная версия. В тюркских языках (татарском, башкирском) существует имя Харим (Харимжан), которое восходит к арабскому «Харим» — «запретный», «священный», «неприкосновенный». В этом случае фамилия Харимов могла возникнуть в среде крещёных татар или башкир, либо у русских, живших в тесном контакте с тюркским населением. Однако для чисто великорусской фамилии эта версия менее вероятна: в русской среде имя Харим не было распространено, а прозвище «харим» («хитрец») встречается в исторических документах. Например, в «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается крестьянин Харим, что подтверждает бытование такого прозвища.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Харим- добавился типичный русский патронимический суффикс -ов. Это буквально означает «сын Харима» или «потомок Харима». Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Хари́мов, хотя в некоторых говорах возможно смещение на первый слог (Ха́римов) под влиянием фамилий с ударной приставкой.

Если предки носителя фамилии — крестьяне или посадские люди, то прозвище Харим могло быть дано за житейскую смекалку или умение выходить сухим из воды. Если же версия с тюркским именем верна, то основатель рода мог быть выходцем из татарской среды, принявшим православие. В любом случае, фамилия Харимов — это не простая отсылка к христианскому святому, а отражение личного качества или этнической истории.