Фамилия Харитенко — одна из тех, что сразу выдают украинское происхождение, причём довольно позднее по меркам истории фамилий. Её выдают два маркера: суффикс -енко и основа, восходящая к полной форме имени, а не к уменьшительной.

Модель образования проста: суффикс -енко, характерный для Поднепровья и Левобережной Украины, присоединили к основе Харит-. В XVII–XVIII веках такие фамилии означали «сын Харитона» или «потомок Харитона». В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые часто застывали в форме притяжательного прилагательного, украинские на -енко дольше сохраняли прямую связь с отчеством: Харитенко — буквально «Харитонович».

Имя Харитон — греческое, от χαρίεις (хариэйс) — «милостивый», «прелестный», «одарённый благодатью». В святцах оно было, но в народе встречалось реже, чем, скажем, Иван или Пётр. Это делает фамилию Харитенко менее распространённой, чем её однокоренные варианты. Сравните: Харитонов — типичная русская фамилия, массовая и привычная. Харитенко же — её украинский аналог, который мог возникнуть в среде, где отчества на -енко были нормой, а не исключением.

Интересный нюанс: основа Харит- в украинской традиции могла быть не от полного Харитон, а от разговорной формы Харитя или Харито. В документах XVIII века встречаются записи вроде «Харит Гаврилов сын», где имя уже сокращено. Но фамилию закрепили именно в такой, близкой к полной форме, что говорит о её официальном происхождении: скорее всего, её фиксировали при переписях или в реестрах казаков, где имя писали без уменьшительных суффиксов.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины: Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина. На западе Украины и в Беларуси такое окончание встречается реже, а на юге России — как следствие переселений. Сословно носителями чаще всего были казаки или крестьяне: в среде шляхты и духовенства предпочитали фамилии на -ский, а мещане городов чаще носили прозвищные фамилии без патронимического суффикса.

По ударению: в украинском языке ударение падает на второй слог — Хари́тенко, но в русской среде его часто смещают на последний слог, подравнивая под привычный ритм фамилий на -енко́. Оба варианта встречаются, но первый исторически точнее.