Фамилия Харитин — одна из тех, где форма на -ин обманчива: она не указывает на прямое родство с матерью или женой, а скорее на службу или принадлежность. В большинстве русских фамилий суффикс -ин присоединяется к основе на -а/-я (Петров, но Ильин). Однако у Харитина основа — Харит, а не Харита. Это говорит о том, что фамилия образована не напрямую от канонического имени Харитон (через его разговорную форму Харитя), а от краткого имени Харитя или прозвища Харита — но с характерным для северных и центральных говоров переходом ударения и упрощением. Вероятнее всего, Харитин — это вариант отчества или притяжательного прилагательного от имени Харитон, где основа усеклась до Харит-.

Само имя Харитон — греческого происхождения, от слова «харис» — милость, благодать, красота. В святцах оно было нередким, и в народе давало множество уменьшительных форм: Харитоша, Хариня, Харитя. Фамилия Харитин могла возникнуть и как патроним (чей сын? — Харитин), и как обозначение человека, принадлежащего к дому Хариты — то есть жены или вдовы Харитона. Второй вариант менее вероятен, но полностью исключать его нельзя: в писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются записи вроде «Харитин сын» или «вдова Харитинская», откуда фамилия могла перейти к потомкам.

Географически фамилия редкая. Она встречается в основном на северо-западе России — в Новгородской, Псковской, Вологодской областях, а также у старообрядцев Прибалтики. Это типичная «северная» модель: фамилии на -ин с краткой основой (сравните: Дружинин, Шишкин, Харитин) там сохранялись лучше, чем в центральных губерниях, где раньше победили формы на -ов.

Ударение в фамилии, судя по живой речи носителей, падает на второй слог: Хари́тин. Если бы ударение было на последнем слоге (Харити́н), это указывало бы на украинское или белорусское происхождение, но для русского ареала характерен именно вариант с ударным «и». В документах XIX века фамилию могли записать и как Харитинов — с наращением суффикса -ов для приведения к более привычному типу, но форма Харитин устоялась как самостоятельная.

В целом, предки носителя фамилии Харитин с высокой вероятностью были крестьянами или посадскими людьми из северных или западных уездов России, а сама фамилия восходит к имени Харитон, которое в быту сократили до Харитя. Никакой связи с редким женским именем Харита (от греч. «грация») или с латинским caritas (любовь, милосердие) нет — это случайное созвучие.