Фамилия Харитохин — редкий случай, когда на стыке имени и суффикса образовалась неожиданная звуковая форма. В её основе лежит каноническое крестильное имя Харитон (от греческого «харис» — милость, благодать). Обычно от него образовывали фамилии Харитонов, Харитошин, Харитоньев. Но здесь сработала иная модель: к имени присоединили суффикс -ох-, а затем уже фамильный -ин. Получилась цепочка: Харитон → Харитоха → Харитохин.

Суффикс -ох- в русских именах и прозвищах выполнял роль ласкательного или уменьшительного, но с оттенком просторечия. Сравните: Степан — Степоха, Михаил — Михоха, Илья — Ильюха. Харитоха — это домашнее, неофициальное именование человека по имени Харитон. Такие формы были распространены в крестьянской и мещанской среде, где полное имя использовали редко, а в быту звали по-свойски.

Фамилия Харитохин — «патронимическая»: она отвечает на вопрос «чей сын?» и буквально означает «сын Харитохи». Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному человеку, а не к роду в целом (как -ов/-ев). Это типично для фамилий, образованных от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный.

География фамилии узкая. Харитохины встречаются в основном в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской губерниях. В XIX веке носители фамилии числились в основном государственными крестьянами и однодворцами — потомками служилых людей, охранявших южные границы. В дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована, что подтверждает её простонародное происхождение.

Интересно, что фамилия Харитохин могла возникнуть и вторично — не от имени, а от прозвища Харитоха, данного человеку за какое-то качество или внешность. Но эта версия менее вероятна, поскольку прозвищная основа «Харитоха» практически всегда восходит к имени, а не к нарицательному слову. В любом случае, фамилия сохранила редкую словообразовательную форму, которая сегодня почти не встречается в новых фамилиях.