Фамилия Харитончикова образована от имени Харитончик — уменьшительной или обиходной формы канонического имени Харитон. В переводе с греческого это имя означает «благодатный, радостный», и именно это значение легло в основу фамилии. Иначе говоря, корень у фамилии не прозвищный, не ремесленный, а чисто именной: предка звали Харитончиком, а его потомков стали записывать как Харитончиковых.

Сам по себе суффикс -чик в имени Харитончик — это уменьшительно-ласкательный формант, который в русской традиции часто использовался в бытовом общении. При этом важно различать: если в современном русском языке суффикс -чик обычно указывает на профессию (например, лётчик, переводчик), то в именах собственных он выполняет совсем иную роль — выражает родственную или дружескую близость. Поэтому Харитончик — это не «профессия Харитона», а скорее «маленький Харитон», «Харитон, которого ласково звали домашние». Такая форма могла закрепиться за человеком в качестве уличного или семейного прозвания, а уже от него возникла фамилия.

Покровителем имени считается преподобный Харитон Исповедник, и его история придаёт фамилии дополнительный смысловой оттенок. Харитон был родом из малоазийского города Икония и пострадал во время гонений на христиан при императоре Аврелиане. После освобождения он отправился в паломничество в Иерусалим, но в пути его схватили разбойники и отвели в пещеру, где держали в ожидании смерти. Святого спасла змея: она отравила своим ядом сосуд с вином, из которого пили преступники. Оставшись в живых, Харитон не покинул пещеру, а устроил в ней церковь. Постепенно вокруг него собрались последователи, и на этом месте возникла Фаранская лавра — первая монашеская обитель в Иудейской пустыне. Для носителей фамилии эта история — напоминание о том, что имя их предка связано с человеком, пережившим мучения и основавшим знаменитый монастырь.

Сословная принадлежность рода Харитончиковых, скорее всего, была скромной. Фамилии, образованные от уменьшительных форм имён через суффикс -ов, в массе своей возникали в крестьянской и мещанской среде, где полное имя использовали реже, а в ходу были домашние варианты. Так что основатель рода, носивший имя Харитончик, вероятно, был человеком из простого сословия, и его потомки со временем получили фамилию Харитончиков — без претензий на знатность, зато с ясной и тёплой историей происхождения.

Интересно, что однокоренные фамилии — Харитонов, Харитонцев, Харитошин — встречаются чаще, чем Харитончиков. Это делает данную фамилию более редкой и локальной. Уменьшительная основа с суффиксом -чик указывает на то, что фамилия закрепилась в той местности, где была распространена именно такая форма имени, и, возможно, сохранила следы диалектного или семейного произношения. В написании фамилии обращает на себя внимание суффикс -ов после основы на -чик: это стандартный патронимический формант, который в данном случае присоединился не к полному имени, а к его уменьшительному варианту, что как раз и выдает её народное, не книжное происхождение.