Фамилия Харланенков — редкий пример, где словообразовательная модель спорит с основой, выдавая сразу несколько версий происхождения. Её ядро — имя или прозвище Харлан, а суффикс -енков указывает на восточнославянское, скорее всего русское, бытование с региональным оттенком.

Разберём сначала суффикс. Формант -енков характерен для южнорусских и, в меньшей степени, белорусских фамилий. В центральных и северных областях России чаще встречается -ов/-ев, а -енков — это вариант, возникший из притяжательного прилагательного с суффиксом -енк(о) и последующим добавлением -ов. То есть первоначально было прозвище Харланенко («сын Харлана»), а затем его закрепили по отцу как Харланенков. Такая цепочка типична для территорий, где были распространены украинские или южнорусские фамилии на -енко, но в итоге их русифицировали.

Основа Харлан восходит к крестильному имени Харлампий (греч. «сияющий радостью»). В народной речи это имя дробилось на множество сокращённых форм: Харлан, Харлам, Харлаша, Харлыга. Фамилия Харланенков, таким образом, означает «внук (или потомок) Харлана», где Харлан — это обиходное имя, данное при крещении, но в быту звучавшее проще. Однако есть и вторая, менее очевидная версия: Харлан могло быть прозвищем, данным человеку с грубой, «харкающей» речью или сварливым характером, от глагола «харкать» (в диалектах — «кричать, браниться»). Но эта гипотеза слабее, так как связь с церковным именем более прямая и подтверждается массой однокоренных фамилий: Харламов, Харлашкин, Харланов.

Географически фамилия тяготеет к югу России и бывшим украинским землям, но в силу суффикса -енков она закрепилась именно в русской среде. Встречается в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также среди казачества. Интересно, что в документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и однодворцев с фамилией Харланов, а Харланенков — более поздняя ветвь, возникшая, когда к основе добавили двойной суффикс для уточнения родства.

Сословно предки Харланенковых, скорее всего, были крестьянами или однодворцами (государственными крестьянами, нёсшими сторожевую службу). Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Это «бытовая» фамилия, которая не стремилась к аристократическому звучанию, а просто фиксировала чью-то родословную через имя деда или отца.