Фамилия Харсекин — редкий случай, когда на первый план выходит не суффикс, а сама основа. Модель образования прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть предка звали Харсека. Вопрос в том, что скрывается за этим прозвищем.

Самая вероятная версия отсылает к тюркским языкам, где «харс» или «харсы» могло означать «ястреб», «сокол» или «хищная птица». В степных и южнорусских регионах, где столетиями шло смешение славянских и тюркских племен, прозвища по птицам были обычным делом: они давались за острый глаз, стремительность или даже внешнее сходство. Тогда Харсека — человек, похожий на ястреба, либо сокольничий, либо обладатель соответствующего характера. Суффикс -ека (вместо более привычного -ка) мог появиться под влиянием местных говоров или как вариант произношения.

Менее убедительна, но возможна связь с греческим словом «харси» (χαρσί) — «бумага», через прозвище писаря или торговца. Однако географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, где тюркское влияние сильнее, чем греческое. Фамилии на -ин от основ, оканчивающихся на -а, в этой зоне не редкость, но Харсекин выделяется тем, что его основа не встречается в массовых крестьянских фамилиях — это скорее индивидуальное прозвище, закрепившееся за одним родом.

В дореволюционных источниках фамилия встречается эпизодически, в основном в Курской и Харьковской губерниях. Это подтверждает версию о южнорусском или малороссийском корне. Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская — фамилия не несет признаков дворянского или духовного происхождения (отсутствие суффикса -ский, нет связи с церковным календарем). Известный носитель — филолог Алексей Харсекин, что подтверждает: фамилия не исчезла, но осталась локальной и редкой.