Фамилия Харсека относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Харисий. Харсека – народная форма крестильного имени Харисий, которое в переводе с греческого означает «приятный». Также возможно, что фамилия Харсека образована от названия украинского села Харсики, расположенного в Чорнухинськом районе Полтавской области. В таком случае, основатель рода Харсека мог быть выходцем из этого села.