Фамилия Харсеев напрямую связана с крестильным именем Харисий, и это тот редкий случай, когда народная форма имени почти полностью вытеснила в обиходе церковное звучание. Харсей — это просторечный, «домашний» вариант имени Харисий, которое греки перевели как «приятный», «милый сердцу». Потомки человека, которого в быту звали Харсеем, постепенно перешли на отчество, а затем и на фамилию Харсеев, закрепившуюся за родом.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ев присоединялся к основам на мягкий согласный или -й. В данном случае основа Харсей дала форму Харсеев, то есть буквально «сын Харсея». Такая модель была распространена повсеместно, но сам корень встречается нечасто, что делает фамилию заметной на фоне более типичных Ивановых или Петровых.

Интересно, что имя Харисий в греческой традиции связано с понятием благодати и приятности в общении — так могли назвать желанного, долгожданного ребёнка. В русских святцах это имя присутствует, однако широкого распространения не получило, в отличие от того же Иоанна или Николая. Поэтому фамилия Харсеев сохранила отпечаток редкости: она указывает на предка, носившего не самое частое крестильное имя, но вполне укоренившееся в народной среде.

Стоит оговориться: некоторые исследователи допускают, что в отдельных говорах форма Харсей могла возникнуть не напрямую от Харисия, а через промежуточные уменьшительные варианты вроде Харисейка или Харся. Однако фонетически переход к Харсею выглядит естественным: безударный гласный редуцировался, а мягкий звук [с’] перед гласным стал твёрдым. Эта версия не противоречит основной, а лишь уточняет механизм народной переделки.

В документах фамилия встречается в формах, характерных для южнорусских и отчасти среднерусских говоров, где подобные усечённые имена были обычным делом. Крестьянские и мещанские семьи, носившие фамилию Харсеев, скорее всего, вели род от человека, которого в церковных записях писали полным именем Харисий, а в быту звали коротко и по-свойски. Сословной привязки у фамилии нет: она могла возникнуть и в среде посадских людей, и среди крестьян, поскольку имя не было привилегией какого-то одного слоя.

Если говорить об известных носителях, то публичных фигур с такой фамилией мало, и это ожидаемо для редкого именования. Сама по себе редкость не делает фамилию менее ценной для истории семьи — напротив, она упрощает поиск предков, поскольку круг однофамильцев узок, и при работе с архивами можно быстрее выйти на конкретный род. Для потомка Харсеевых это скорее преимущество, чем недостаток.