Основой фамилии Харсеев послужило церковное имя Харисий. Харсей – народная форма крестильного имени Харисий, которое в переводе с греческого означает «приятный». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Харсей, со временем получил фамилию Харсеев.